高效毛细管电色谱仪（CEC）填充毛细管柱是将固定相填充到毛细管中，通过两端烧结柱塞将固定相保持在毛细管中而成，其优点是可利用众多的HPLC固定相，根据化合物与固定相的作用不同实现高效分离，在CEC中应用广泛。
填充毛细管柱制备方法有高压匀浆填充法、电动填充法和超临界CO2法等。
一、高压匀浆填充法：
高压匀浆填充法是填充毛细管柱常用的制备方法。
填充过程一般包括烧结进样端柱塞、高压填充、烧结出口端柱塞、除去不需要的固定相和检测窗口制作等步骤。
高压匀浆填充法简单，快速，但操作技术要求较高。由于在分离样品时施加电场，会使表面带电荷的固定相沿某一方向电泳，容易造成柱局部过于紧密产生较大的压力，而局部由于固定相迁移形成较大的空隙。
二、电动填充法：
电动填充是利用电泳原理，使固定相在一定pH下带电荷，在电场中定向移动而把固定相填充到毛细管中。与高压匀浆填充法相比，电动填充法可有选择地把荷质比相同的固定相填入毛细管中，柱床均匀。
三、超临界CO2法：
超临界CO2法是在毛细管柱一端制作临时柱塞后，另一端与贮液罐相连，将预填充的填料放入贮液罐中，然后利用超临界CO2将填料填入毛细管中，再缓慢释放压力至常压而得到干的色谱柱。柱使用前用流动相润洗，平衡。
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